原核mRNA测序
mRNA测序是研究原生生物转录组的有效手段，可以直接对特定样品在某一状态下产生的所有mRNA进行高通量测序，在获得基因表达信息的同时，推测mRNA的表达量，对基因进行注释等
染色质免疫共沉淀和测序技术
ChIP-Seq是将染色质免疫共沉淀技术（ChIP）与高通量测序（Sequencing）技术相结合，用于研究体内蛋白质与DNA相互作用。
基于高通量测序的人/动植物全基因组关联分析
基于芯片的GWAS分析检测的遗传变异绝大多数为MAF>5的SNP（常见变异），常见变异对检测疾病的贡献率较低，而MAF<5的遗传变异对疾病的贡献率较高，对这一部分的遗传变异效应可以通过新一代测序技术(Next Generation Sequencing, NGS)进行检测。